人类在产生配子的过程会产生错误。由于卵子的质量与胚胎早期发育关系更为紧密，因此这个错误发生的概率与母亲年龄有关。随着母亲年龄的增加，流产率在升高。研究报告显示，母亲的年龄为37岁是转折点：高于37岁的妇女，成功受孕的概率降低，即使怀孕以后，流产风险也增高，可高达60%。
除了主要与胚胎的染色体有关外，还有大约10%的流产是跟免疫有关的。胚胎一半来自母亲，一半来自父亲。它要在母亲的子宫内种植下来并存活，可不是一件容易的事情。因为人体有一套系统保护自己不受外来物质的侵害，我们医学上叫做免疫系统，它只能识别自身产生的物质，遇到外来的物质是要当作敌人一样排除掉的。这样的免疫防护机制避免了我们受到病毒细菌的袭击，使我们能够保持健康。
也是因为我们人体自身的免疫功能，我们在输血时只能输跟自己血型相配的血，在器官移植的时候也是经过非常苛刻地配型成功后才能进行。在怀孕的过程中，胚胎有一半染色体来自父亲，它若想在母亲体内生存下来，一定要逃避掉母亲的免疫排斥功能。我们体内有一套精确的机制来协调母体在特定的时间和位置可以允许胚胎种植在母体子宫内。但是当母亲的免疫系统功能存在问题时，就容易把胚胎像敌人一样排斥掉，这样也会造成胚胎的流产。我们称此类流产为免疫性流产。这是我们在进行助孕的过程中尽量避免的。
另外，还有10%~15%的流产与母体的子宫异常有关。例如子宫畸形、子宫纵隔、双子宫、残角子宫或者疤痕子宫等。根据子宫异常的严重程度，流产的时间也不一样。如果问题比较严重，例如胚胎种植在子宫有疤痕的内膜上，可能导致较早期的流产;如果问题不太严重，可能会造成会中晚期流产，如果问题比较轻微，可能会导致早产。有些异常可以通过宫腔镜进行诊断或手术治疗。但是有些问题目前仍然难以解决。
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